Jan Ernst de Groot werd in 1963 in Brasschaat (België) geboren. Na het behalen van zijn VWO-B diploma studeerde hij Nederlands Recht aan de Universiteit Leiden. Zijn militaire dienstplicht vervulde hij als officier bij de Koninklijke Marine in Den Helder. Vervolgens werd hij advocaat bij advocatenkantoor De Brauw Blackstone Westbroek in Den Haag.

De Groot trad op 1 februari 1992 in dienst van KLM, als onderhandelaar bij het Bureau Buitenlandse Betrekkingen. In 1997 werd hij hoofd Commerciële Samenwerking bij de Divisie Passage en in 1998 hoofd Arbeidsverhoudingen.

In 2001 volgde zijn benoeming tot hoofd Government & Industry Affairs. Van 2003 tot 2005 was De Groot algemeen secretaris van KLM. In augustus 2005 volgde zijn benoeming tot executive vice president Corporate Center.

Sinds 5 juli 2007 is Jan Ernst de Groot statutair directeur van KLM in de functie van managing director. Hij maakt daarnaast deel uit van het dagelijks bestuur van werkgeversorganisatie VNO-NCW en de internationale adviesraad van het Internationaal Instituut voor Lucht- en Ruimterecht van de Universiteit Leiden.